Молекулярный этап - этап развития, вырезанный из финальной версии игры.

 Впервые был представлен публике на DICE 2007. Этап был тесно связан с биохимией и был основан на теории, что жизнь возникла благодаря различным химическим реакциям (в частности, между белками) на ранней Земле. Этап был одинаков с известной компьютерной игрой "Тетрис" - игроку нужно было самому создать свою клетку путем складывания молекул-"блоков".
 Сейчас точно известно, что никакого молекулярного этапа в готовом виде не было, и все изображения его были лишь концепт-артом.
 Молекулярный этап скорее всего так и не был воплощен в жизнь потому, что разработчики предпочли версию с занесением жизни на планету метеоритом, как в финальной версии игры, а не  накопление органического вещества.
 Есть информация, что карточки развития, которые игрок получает по завершению одного из этапа, планировалось делать лишь на молекулярном этапе, но позже были перенесены на все другие этапы.